El Hospital San Francisco de Asís de Quibdó, Chocó, es una de las instituciones de salud más representativas e históricas del departamento. Su historia inicia el 20 de julio de 1929, cuando el Presbítero Nicolás Medrano inauguró el hospital en la loma del hoy barrio Julio Figueroa Villa, en la ciudad de Quibdó. Desde sus primeros años fue concebido como un hospital general de caridad, convirtiéndose rápidamente en el principal centro de atención médica y de cobertura en salud para la población chocoana.

En el año 1935, las Hermanas de la Presentación asumieron la administración del hospital, marcando una etapa de servicio social y atención humanitaria a la comunidad. Durante este periodo, el hospital fortaleció las bases institucionales de la atención médica en el departamento y consolidó su misión de apoyo a las poblaciones más vulnerables del Chocó.

Entre 1970 y 1985, el Hospital San Francisco de Asís experimentó una importante transformación regional. En esta etapa comenzaron a vincularse médicos especialistas en áreas fundamentales de la salud, ampliándose servicios como ginecobstetricia, pediatría, medicina interna, anestesiología y cirugía. Gracias a este crecimiento, el hospital alcanzó la categoría de hospital regional, fortaleciendo su capacidad de atención y convirtiéndose en referente médico del departamento.

En 1985 se produjo uno de los cambios más significativos de su historia: el traslado de la institución a una nueva sede ubicada en la entrada del barrio Kennedy, en la carrera primera sobre la margen derecha del río Atrato. Esta nueva infraestructura permitió aumentar la capacidad instalada, mejorar las instalaciones y ampliar la oferta de consultas generales y especializadas para la comunidad.

Posteriormente, en 1997, el hospital fue transformado en Empresa Social del Estado mediante la Ordenanza 021 de agosto, en el marco de la Ley 100 de 1993, reforma que redefinió el sistema de salud colombiano. Con esta transformación, la institución obtuvo personería jurídica, autonomía administrativa y patrimonio propio, consolidándose como una entidad pública descentralizada del orden departamental.

Sin embargo, a partir del 6 de marzo de 2007 comenzó uno de los periodos más difíciles para la institución, cuando la Superintendencia Nacional de Salud tomó posesión administrativa debido a la crisis financiera, administrativa y de atención que enfrentaba el hospital. En junio de 2008, la administración fue entregada a CAPRECOM EPS-IPS. Más adelante, en junio de 2016, la Corte Constitucional ordenó no autorizar nuevas prórrogas de intervención y, finalmente, el 5 de julio de 2016, mediante la Resolución 1862, se ordenó la toma de posesión para liquidar la ESE.

Como respuesta a esta situación, el 16 de diciembre de 2016 nació oficialmente la Nueva Empresa Social del Estado Hospital Departamental San Francisco de Asís mediante la Ordenanza 032. La nueva entidad inició operaciones el 1 de septiembre de 2017 bajo la gerencia del doctor Carlos Enrique Palacios Perea. Desde entonces, el hospital fue estructurado como una entidad pública descentralizada con autonomía administrativa y patrimonio propio, ofreciendo servicios en 10 especialidades médicas, 3 clínicas, 7 áreas quirúrgicas y diversos servicios de apoyo clínico y terapéutico.

No obstante, las dificultades continuaron. El 10 de junio de 2020, la Superintendencia Nacional de Salud ordenó una nueva intervención forzosa administrativa tras una auditoría que identificó 57 hallazgos graves. Entre ellos se encontraban fallas en equipos biomédicos, manipulación inadecuada de alimentos, deficiencias en el manejo de residuos, falta de servicios críticos, desabastecimiento de medicamentos, deudas salariales prolongadas y un incremento del 123 % en los pasivos entre 2018 y 2019.

En el año 2025 se presentaron nuevos cambios administrativos. El 20 de febrero se levantó la intervención forzosa y se inició un periodo de vigilancia especial por un año. Posteriormente, el 28 de febrero de 2025, la gobernadora Nubia Carolina Córdoba Curí nombró como gerente a la doctora Natalia Mazo Rivera. Sin embargo, el 26 de noviembre de 2025 se levantó la vigilancia especial y nuevamente se reimpuso la intervención forzosa, quedando bajo la dirección de la doctora Osiris del Carmen Casas Mena. Desde su creación en 2017 hasta febrero de 2025, la institución ha sido administrada por nueve dirigentes, entre ellos tres gerentes autónomos y seis interventores, situación que refleja la constante inestabilidad institucional que ha vivido el hospital en los últimos años.